لكن موقف مجلس الرئاسة اختلف حيث  اعترض المجلس على موقف رئيس الوزراء المالكي الذي اتهم سوريا بإيواء المسؤولين عن تفجيرات بغداد .
 
ووصف الرئيس طالباني موقف المالكي الذي طلب تشكيل محكمة دولية للنظر في التفجيرات والاتهامات ضد سوريا بأنه "أمر غير قانوني".

بعض المحللين يرون الخلاف بين مجلس الرئاسة والحكومة مناورة مقصودة، الا أن المحلل السياسي سامي شورش يمتلك تصورا آخر

الخبير القانوني والسياسي ضرغام الشلاه أستاذ القانون في جامعة بابل بالعراق سلط الضوء على الجانب القانوني في اعتراض هيئة الرئاسة على ما قام به رئيس الحكومة نوري المالكي كاشفا أن الدستور العراقي لا يبيح لرئاسة الجمهورية التدخل في عمل وقرارات السلطة التنفيذية وإن كان يبيح الاعتراض على قرارات الحكومة، كما ان المالكي اصدر قراره بعد الرجوع الى مجلس الوزراء

الصحفي كامل صقر مراسل صحيفة القدس العربي في دمشق أشار إلى رأي الشارع السوري في النزاع القائم بين البلدين مبينا أن مئات الألوف من العراقيين يعيشون في سوريا ويمارسون عملهم بشكل طبيعي. وأشار صقر إلى أن الاستغراب يسود مشاعر الناس تجاه ما حدث بعد زيارة رئيس الحكومة العراقية نوري المالكي إلى دمشق التي كانت تؤشر تطورا ايجابيا في العلاقة بين البلدين

واثارت شخصيات عراقية سياسية داخلية وخارجية الى ان الاتهامات الموجهة لسوريا ليس فيها جديد ولكن ما هو جديد الآن اثارتها في هذا الوقت.

بل شددوا على استغرابهم من عدم الإشارة إلى أطراف أخرى تتدخل في الشأن العراقي وتؤجج أعمال العنف ولا احد يتحدث عن إحالتها إلى مجلس الأمن الدولي وهو أمر رد عليه ضرغام الشلاه بالقول أن في يد الحكومة أدلة دامغة على التدخل السوري، ومتى توفرت مثل هذه الأدلة على تدخل إيران فأن المالكي سيذهب بها أيضا الى المحكمة الدولية.

وتشير تسريبات صحفية الى أن السوريين طلبوا من العراق إشراك البعثيين في السلطة، وهو أمر رفضه المالكي خلال زيارته لدمشق، من هنا بدأت الهجمات الدموية والقطيعة، حول هذا التطور أشار الصحفي الألماني فولكهارد فيندفور مدير مكتب مجلة دير شبيغل الألمانية في القاهرة عند سؤاله عن رغبة  الأمريكيين في عودة البعثيين إلى السلطة بالقول

 
كامل صقر أشار إلى ان  السفير العراقي علاء الجوادي في حزيران يونيو الماضي قد أعلن انه قد التقى بعناصر بعثية في دمشق ضمن مشروع المصالحة، فهل تطالب الحكومة العراقية سوريا بطرد وتسليم البعثيين في الوقت الذي تدخل فيه هذه الحكومة في حوار مع البعثيين في سوريا، والسؤال هو:هل يمكن لسوريا أن تغامر بتوفير الدعم العسكري واللوجيستي لتنظيمات مسلحة ما يمكن ان يعرض خطوات انفتاحها وتقاربها مع الغرب والذي قطعت فيه شوطا طويلا الى الخطر والانهيار

 وقد قال وزير الخارجية هوشيار زيباري يوم امس إن العلاقات العراقية العربية فاترة ومضطربة  لأن الدول العربية تعتقد بإمكان إعادة الأوضاع في العراق إلى ما قبل عام 2003 .